Черепашки-ниндзя 2

После победной битвы на Сакс-Тауэр герои картины «Черепашки-ниндзя 2» Микеланджело, Леонардо, Донателло и Рафаэль вернулись к своей привычной жизни в канализации. Их побежденный враг Шредер теперь надежно спрятан за стенами тюрьмы и родному городу ничего не угрожает. Они смирились с тем, что лавры победителя, остановившего преступника, достались оператору Вернону Фенвику, получившему за свой подвиг «Ключ от города». Молодость берет свое и юным мутантам все сложнее усидеть в душном подземелье. Иногда они выходят на поверхность, чтобы полакомиться пиццей или незамеченными понаблюдать за баскетбольным матчем.
Подруга черепашек Эйприл О’Нил следит за доктором Стокманом, считая его союзником Шредера. Она получает сведения, что тот готовит побег преступника во время его переправы из городской тюрьмы, о чем немедленно сообщает мутантам. Ребята отправляются в путь, чтобы подоспеть вовремя. Банда Шредера нападает на конвой и уже готова вскрыть бронемашину со своим предводителем, когда появляются черепашки-ниндзя. Но Шредеру все же удается скрыться. Теперь друзьям опять необходимо найти и обезвредить врага. Но в этот раз они столкнутся с более сложной задачей. Ведь в помощь преступнику приходят новые научные технологии, превращающие людей в мощных мутантов.